１．物流成本相对较高
在我国跨境电商物流的发展过程中，基础设施的不完善及体系不完整等，物流的成本较高，根据相关资料得出结论，从成本来看，我国跨境电商物流的成本远远高于其他国家甚至是国际标准。跨境电商物流需要考虑的问题多而复杂，涉及国内物流、国内海关、国际运输、国外海关、国外物流众多环节，在实际操作中风险很大，因此，在一定程度上大大增加了我国跨境电商的物流成本。
２．退货和换货物流实现困难
在中国跨境电商的发展过程中，由于其涉及的环节较多，在每个环节都会产生相对应的退换货情况，而跨境物流周期长，在其中隐藏存在多种风险，货品的丢失、海关和商检的风险、错误的配送地址等问题，大大制约了退货和换货。再者，在中国跨境物流中缺乏完善的退货通道，难以实现退换货。
３．物流信息难以实现全程追踪
在我国国内物品物流的运输中，从下单到收货，这对包裹的全程追踪已常态化，是对商家最基本的要求，由于跨境电商物流地区广，不能做到每个跨境物品的全程追踪，在国内，信息追踪可以实现，而当包裹出境后，由于信息水平的限制，很难对其再进行继续追踪。虽然目前在一些发达国家可以实现全程追踪，但在信息化不高的国家难以实现，大大制约了跨境交易及跨境物流的发展。这是由于电商物流企业无法与其他国家物流企业构建起物流信息共享网络，所以对出境的货物进行全程追踪服务很难实现。