一、进仓报关
保税仓库货物报关流程中进境入仓时，除易制毒化学品、监控化学品、消耗臭氧层物质外，免领进口许可证件。
(1)如果仓库主管海关与进境口岸不是同一直属海关的，按转关方式来办理，可以按提前报关转关方式申报，也可以按直转转关方式申报。
(2)如果仓库主管海关与进境口岸是同一直属海关的，经批准，可以不按转关运输方式办理，由经营企业直接在口岸海关办理报关手续，口岸海关放行后，企业自行提取货物入仓。
二、出仓报关
保税仓库货物报关流程中出仓可能出现进口报关(进入国内市场)和出口报关(复运出口)。
(1)出口报关：保税仓库出仓复运出境货物，应当按转关运输方式办理出仓手续。是同一直属海关的，经批准，可以不按转关运输方式办理。
(2)进口报关(重点)
转为正式进口的同一批货物，要填制两张报关单，一张办结出仓报关手续，由保税仓库经营企业填制出口货物报关单。另一张办理进口申报手续，按照实际进口监管方式，填制进口货物报关单。进口手续大体分为：
①保税仓库货物出仓用于加工贸易的，由加工贸易企业或其代理人按保税加工货物的报关程序办理进口报关手续。
②保税仓库货物出仓作为特定减免税货物的，由享受特定减免税的企业按特定减免税货物的报关程序办理进口报关手续。
③保税仓库货物出仓进入国内市场，由保税仓库经营企业按一般进口货物的报关程序办理进口报关手续。
④保税仓库内的寄售维修零配件申请以保修期内免费出仓的，由保税仓库经营企业办理进口报关手续，填制进口报关单，贸易方式栏填无代价抵偿货物，并确认免税出仓的维修件在保修期内不超过原设备进口之日起3年。
(3)集中报关：保税货物出库批量少批次频繁，经海关批准可以办理定期集中报关手续。
三、流转报关
(1)保税仓库与特殊监管区域之间往来流转的货物，按转关运输的有关规定办理，保税仓库与特殊监管区域属于同事直属关区内的，可不按转关运输办理。
(2)保税仓库货物转往其他保税仓库的，应当各自在仓库主管海关报关，报关时先办理进口报关，再办理出口报关。