电商仓储管理作为企业供应链中一个非常重要的环节，与供应商、分销商与消费者紧密联系在一起，形成一个相互依赖、相互作用的有机整体。尽管电商仓储管理在环节上属于企业内部管理，并不直接面对消费者，但其作为电商物流企业的核心，其响应速度和服务质量也就成为影响消费者购物体验和电商物流企业竞争力的重要因素。
经过了近十几年来的发展，很多电商物流企业做到一定规模后会把仓储管理外包给专业的第三方仓储企业去管理，这也算是电商物流企业发展的一些趋势。相对于自己建仓、自己管理仓库不同，将仓储管理外包给其它企业，即使第三方仓储企业再专业，如果在合作交流上信息沟通出现问题，也会导致仓储管理出现很多问题。
目前，电商仓储管理主要存在以下两个问题：
难点一：电商仓储日常管理和流程问题
不少人认为，仓储管理等于租一块地方请几个有经验的人收货发货，记牢产品的位置，靠记忆拣货。如果遇到发单量激增的情况，就临时招聘补充一些人员，简单培训下就可以解决。实际上，仓储管理远比我们想象的要复杂的多。在电商物流中，消费者是企业配送和交易的重心，电商物流仓储管理要做到高效的服务，背后需要系统、流程、体系化的支持。在收货入库时，就需要管理员对供应商入库质量进行管控，降低仓储收货的出错与成本。如果是第三方仓储企业，也需要辅助商家对供应商做好管理；另一方面，电商物流企业在发货时也需要做好前后台库存数据的管理，上架正确的库存数量，避免出现重复售卖的情况，给商家和消费者双方带来损失。
难点二：电商仓储管理的成本控制问题
电商物流的成本控制，是一个长期优化管理的一个过程，对内包含对库区的管理和对库存管理的优化，对外包含收货、配送、退货等环节，涉及时间、准确率、到达签收、破损率等多项指标考核。电商物流企业需要对成本控制的各个环节和方面进行重视，不能草草了事，也不能牺牲消费者的体验为代价。在进行电商仓储的实际管理中，电商企业可以优化库区，分类管理，并根据企业的经营状况进行调整比例大小，提升仓库利用率，另外，企业管理者也需要根据数据进行各种优化，提升操作效率，降低成本。