区别一
用途不一样，工业用地用于工业生产，主要是制造业的加工生产环节，物流仓储用地用于物流企业(或大型企业的物流部门)存储物资货物，比如京东顺丰等快递公司的物流基地，又比如做冷链物流、医药物流的物流企业。
区别二
对周边区域的影响不一样。工业用地主要用于生产，产生的废水废气噪音等对周边环境影响比较大。仓储用地，一般影响环境影响小，交通影响大，但如化工等危险物品的仓储对安全影响大，如果出事故影响大，参考天津爆炸案。
其实两类用地个人感觉在国土管理上区别不大，价格差不多，用地证上的用地性质不太清楚分没分，都是一大类工矿仓储用地。城规是明确分为两类的，也就是建设项目规划审批的要审的，但往往两类用地调整是比较容易的，因为现在都把工业仓储集中在工业园区，两类的管理很多趋同了，规划管理部门其实往往对一个园区规划多少仓储用地是模糊的，往往根据实际需求调整，反正国土给的指标是工业仓储一起的，除到底是做工业还是仓储就看需求了(当然很明确的做物流园那种就安排物流仓储用地)。