第三方仓储管理要求管理者非常精细化的操作，每一个作业环节都需要持续优化，这对于许多仓储物流企业而言是一个难点。
因此，首先需要专业的人才来管理仓库。
第二，需要专业的物流设备、计算机系统等来实现高效、准确的物流作业。目前，很多企业仅有少部分仓库使用了高位货架以及自动化分拣系统，这就需要管理层加大投入穿梭式货架、机器人分拣系统等自动化设备来增加仓储容量，提高分拣效率以及准确性。在计算机系统方面，则主要是WMS的构建与整合。在系统客户端上，通过wms系统可以直接查询到货物的运输信息，从而实现从仓到配整个链条的透明可视化。
 第三，在第三方仓储业务开拓过程中，如何高效率地打包等作业也是面临的挑战之一。为了尽快提高仓储管理能力，需要企业对员工着重培训，使其具备适应现代物流的高素质能力，并形成作业标准提升效率和准确率。