当前，第三方物流企业对仓库管理还存在很多问题，没有实现降本增效，企业要想控制总成本，就要加强库存管理。在引进先进的、现代化的库存管理理念的同时，还要结合企业自身情况灵活运用，不断提升综合管理能力和综合竞争力。
　　物流公司仓库管理系统(WMS)的运用
　　物流公司仓库管理系统是通过入库业务，出库业务、仓库调拨、库存调拨和虚仓管理等功能，综合批次管理、物料对应、库存盘点、质检管理、虚仓管理和即时库存管理等功能的管理系统，有效控制并跟踪仓库业务的物流和成本管理全过程，实现完善的企业仓储信息管理。同时引入条形码管理系统，去掉了手工书写票据和送到机房输入的步骤，解决库房信息陈旧滞后的弊病。条码技术与信息技术的结合帮助企业合理有效地利用仓库空间，以快速、准确、低成本的方式为客户提供最好的服务。　　
        物流公司仓库管理5S现场管理
　　5S现场管理最早来源于日本丰田汽车公司的管理实践中总结出来的宝贵经验，它可以使企业的生产环境得到极大地改善，是企业走上成功之路的重要手段。5S来自日文SEIRI(整理)、SEITON(整顿)，SEISO(清扫)、SEIKETSU(清洁)、SHITSUKE(修养)发音的第一个字母"S"，所以统称为"5S"。5S塑造企业的形象、降低成本、准时交货、安全生产、高度的标准化，创造令人心旷神怡的工作场所、现场改善等方面发挥了巨大作用，也是物流公司仓库管理活动有效开展的基石之一，现已逐渐被各国的管理界所认识。
　　物流公司仓库管理ABC分类管理
　　ABC分类管理就是将库存物品按品种和占用资金的多少分为特别重要的库存(A类)，一般重要的库存(B类)和不重要的库存(C类)三个等级，然后针对不同等级分别进行管理与控制的方法。
　　物流公司仓库管理零库存思想
　　零库存思想：实现零库存的根本途径就是实施准时化作业，如准时化采购、准时化生产、准时化配送、准时化销售等。准时化的思想就是只在需要的时候把需要的品种和数量送到需要的地点。在我国，库存成本对物流成本的影响很大，要控制总成本，就要加强库存管理，加快库存周转，压缩平均库存量。但是企业也不能盲目压缩库存量，其实，零库存技术是指在生产与流通领域按照JIT组织物资供应，使整个过程库存最小化的技术的总称，而并非单纯的从数量上使得库存为零。
　　供应商管理用户库存(VMI)
　　供应商管理用户库存：这种库存管理策略打破了传统的各自为政的库存管理模式，体现了供应链的集成化管理思想，适应市场变化的要求，是一种新的有代表性库存管理思想。供应商管理库存是供应商等上游企业基于其下游客户的生产经营、库存信息，对下游客户的库存进行管理与控制，可以缓解和抑制"牛鞭效应"，能够突破传统的条块分割的库存管理模式，以系统的，集成的管理思想进行库存管理，使供应链系统能够获得同步化的运作。