一、成本对比
冷链仓储建设投资大，系统庞大复杂。比一般常温物流系统的要求更高、更复杂，建设投资也要大很多，是一个庞大的系统工程。冷链物流属于典型的重资产业态，仓储、专线物流以城市配送体系等基础设施的建设需要大量资金投入，上下游全流程，以及在仓储、设备、人员操作的高度数字化建设工程门槛之高，足以直接将大多数冷链企业拒之门外。
至于其他普通仓储，建设投资成本远低于冷链仓储，在设施设备上建设门槛相对较低。
二、功能对比
冷链仓储为了确保生鲜果蔬等在流通各环节中始终处于规定的低温条件下，必须安装温控设备，使用冷藏车或低温仓库，采用先进的信息系统等。农产品冷链物流的成本要比其他物流系统成本偏高。因此冷链仓储具有温度调节，产品保鲜等功能，适用于生鲜等产品。
其他普通仓储，多数仅供物品保管与保存，无法调节温度，不适用于生鲜产品。
三、仓库管理对比
冷链仓储管理注意事项
(1)冷冻(冷藏)车到后，应立即组织卸货，以防冷冻车辆的能量损失和货物的变质与变坏;
(2)货物进出库，应由二个人经手，一人负责实物的验收，一人负责记帐;
(3)货物入库，必须经过数量、外观检查和质量检验;
(4)冷冻产品的装卸要有专业性工具，如保温衣、保温手套、保温箱、保温被等;
(5)冷冻产品要特别注重对鲜食产品的外观检验，以防其变质;.
(6)冷冻产品的堆放，要尽可能遵守先进先出法;
(7)要特别注重对冷冻仓库温度与湿度的查看，并及时作出适当的调整。
