水果和蔬菜采摘后仍为有生命体，果实组织中仍进行着活跃的新陈代谢过程，对微生物的侵入有抗御能力。但当这种生命体发展到后期即过熟阶段，新陈代谢会逐渐变慢甚至停止，果实成份与组织均发生了不可逆转的变化，使其失去营养价值和特有风味，在微生物作用下开始腐烂。
水果和蔬菜的呼吸实质上是果实内有机物缓慢地氧化。在有氧条件下，果实内作为基质的糖、有机酸以及复杂的碳水化合物被完全氧化分解为二氧化碳、水和热量，维持正常的生命活动。在缺氧条件下，果实内的基质不能完全氧化分解，只能产生结构比较简单的化合物如乙醇、乙醛等和少量的热量。缺氧呼吸果实为获得与有氧呼吸同样多的能量，就必须氧化更多的呼吸基质，即消耗更多的贮藏物质，使果实质量变差，缩短贮藏期。
水果和蔬菜呼吸还产生水量乙烯和其他微量气体。乙烯诱发果实呼吸强度升高，从成熟进入完熟。乙烯是果实成熟的启动物质，是一种催熟剂，不仅加快成熟速度，而且均匀改变成熟过程。但乙烯也有许多不利影响，如：①在储荐期间不希望的加速成熟；②加速某些未成熟的果实（黄瓜、南瓜等）和多叶蔬菜枯黄、失去绿色；③在莴苣上产生黄褐色斑点；④刺激或抑制土豆发芽，这取决于乙烯的浓度和时间；⑤芦笋变硬。
保证水果和蔬菜新鲜的高质量运输不仅要控制乙烯，还要控制二氧化碳、水汽和呼吸发出热量造成的损坏。
一般情况下低温可降低水果和蔬菜的呼吸强度，但也使它们由于生理失调而造成冻害，因此应正确设置温度。
