冷链网络建设有差距
片段分散方式的冷链系统，往往使得冷链标准无法连贯的执行，全过程冷链温度的记录无法发挥作用，冷链的交接过程比较复杂。应该向美国冷链协会那样，提倡并着手建设全美国的冷链中心枢纽。
冷链标准建设不及时
水产品冷链物流在管理上缺乏统一的作业标准，如：装卸速度、作业流程、检验验货制度以及运输、仓储、配送、销售各环节低温对接要求等作业方面缺乏标准，使得中国大部分水产品销售环境不能控制在冷链温度之下。对各大类水产品的产品温度、湿度指标及储存期限，冷链标准建设不及时，不能具体提供一个科学统一的推荐范围。
冷链配置建设不完整
在一般的菜市场上冷链配置建设不完整，水产品物流设备比较落后，冷冻水产品运输方式采用人力黄鱼车还相当普遍，因此，水产品的品质损失比较大。冷链体系配置只能依赖于城市化的提高，农村是很难做到的。在运输过程中还缺乏统一化的包装配置和物流形态，例如装有活鱼类的运输桶内3/4装水，只有1/4才是活鱼产品，无疑提高了水产品物流成本。
冷链增值效应不明显
冷链物流要实施全程温度控制管理，必须依靠先进的信息技术作为支撑。还要加强水产品保鲜库、冷藏库的建设，增加温控设备。冷链物流投入比较大，而水产品属于低价产品，通过冷链物流服务过程的增值效应不明显，经营水产品冷链物流风险较大。
